Sulla base delle caratteristiche fenotipiche è possibile distinguere i due ceppi: la trota definita di ceppo atlantico è infatti caratterizzata dall'avere una punteggiatura piuttosto rada, con macchie grosse, dal contorno ben definito e circondate da un alone bianco marcato, ed ha una colorazione della livrea tendente al grigiastro; quella di ceppo mediterraneo invece si contraddistingue per l'avere una punteggiatura molto più fitta, soprattutto sul dorso, con macchioline più piccole ed un alone non sempre visibile. Nella trota di ceppo mediterraneo, inoltre, gli adulti mantengono le caratteristiche macchie "parr" (grosse macchie scure dal contorno non ben definito che percorrono tutto il corpo lungo i fianchi) che invece gli adulti di trota fario atlantica perdono del tutto. Nella trota mediterranea poi si trovano sull'opercolo una o due grosse macchie nere che mancano anch'esse totalmente nella trota di ceppo atlantico.