In Italia la trota di torrente è classificata come "semispecie" Salmo (trutta) trutta della "superspecie" Salmo trutta. Essa è ormai diffusa in tutte le acque correnti vocazionali, in seguito alle massicce immissioni di cui è stata oggetto per incrementare la pesca. Tutt'oggi peraltro le popolazioni di trota fario vengono supportate artificialmente mediante immissioni di uova, giovani e adulti. Nella gran parte dei casi, soprattutto nei decenni passati, tali interventi hanno riguardato l'immissione nei corsi d'acqua italiani di trote fario del cosiddetto "ceppo atlantico" (cui appartengono le popolazioni europee presenti nei fiumi che si affacciano a questo oceano); mentre la trota fario ritenuta autoctona nei nostri corsi d'acqua appartiene al "ceppo mediterraneo". L'immissione della trota fario alloctona in corsi d'acqua dove erano già presenti popolazioni di ceppo mediterraneo ha determinato in molti casi l'inquinamento genetico delle popolazioni autoctone, in altri addirittura la sostituzione della trota mediterranea con quella di ceppo atlantico.