Uccello legato strettamente all'ambiente rupicolo per la riproduzione e ai pascoli per l'alimentazione, il Gracchio alpino non sembra aver sofferto dell'antropizzazione degli ambienti montani, traendo anzi vantaggio dall'approvvigionamento di cibo fornito da turisti e rifugi. La densità di popolazione non sembra influenzata dallo sviluppo turistico anche se è contrastata la tesi della modificazione comportamentale dovuta alla vicinanza dell'uomo.
Il nido viene costruito in buchi, anfratti e inghiottitoi di difficile accesso, anche se talvolta vengono utilizzate costruzioni dell'uomo. Il trasporto del materiale inizia verso maggio-giugno e il nido, costruito materialmente dalla femmina, ha forma di coppa ed è rivestito internamente da materiale di origine animale come peli, lana, crini ecc.