Il Mignattino nidifica in acque costiere e interne in bacini di dimensione media, in anse tranquille di fiumi, in paludi di acqua salmastra o dolce. Preferisce invasi profondi non più di due metri, con acqua persistente o temporanea, purché con ricca vegetazione acquatica, sia emergente che galleggiante. Le segnalazioni di riproduzione più recenti per la Lombardia si riferiscono al Lago Inferiore di Mantova, all'interno del Parco Regionale del Mincio. Prima della riduzione dell'areale, nidificava spesso nelle risaie, dove sono ancora possibili osservazioni sporadiche (ad es. nel Parco Agricolo Sud Milano). Nei Laghi di Mantova nidifica in acque poco profonde, con fondo fangoso e quasi completamente coperte da vegetazione galleggiante. Questo è il tipico supporto per il nido, altrimenti vengono utilizzate piccole isole fangose o il terreno nudo tra la vegetazione palustre. Nel caso lombardo vengono spesso utilizzati detriti galleggianti (pezzi di polistirolo, tavole).