L'areale distributivo regionale del Picchio muraiolo ricade nelle aree alpina e prealpina, all'interno delle quali frequenta tipicamente gli habitat rocciosi più impervi. La specie si rinviene con maggior frequenza nei settori centro-settentrionali e nord-orientali, dove peraltro si hanno le aree di maggior altitudine (P.R. del Bernina, del Disgrazia, della Val Masino e della Val Codera, P.R. di Livigno e della Valdidentro, P.N. dello Stelvio, P.R. dell'Adamello). Nell'area prealpina il Picchio muraiolo è presente nel P.R. delle Grigne, P.R. delle Orobie Valtellinesi, in quello delle Orobie Bergamasche e nel P.R. dell'Alto Garda Bresciano. La distribuzione invernale è pressoché identica a quella riproduttiva, divengono soltanto più frequenti le osservazioni alle basse quote.