In Lombardia la specie è maggiormente presente nella parte centro-meridionale della regione; nell'alta pianura e in area prealpina è scarsa o assente ed è legata principalmente a grossi corsi d'acqua e bacini lacustri. E' abbondante in tutti i parchi fluviali ed è presente nella maggior parte degli altri ad eccezione di quelli più spiccatamente montani (ad esempio nello Stelvio) e quelli in cui mancano corsi o canali d'acqua (Nord Milano, Spina Verde).
Il Martin Pescatore risente probabilmente del livello di qualità delle acque (concentrazione di sostanze chimiche, torbidità, eutrofizzazione) ed è quindi concentrato lungo i fiumi dove questi parametri si mantengono moderati (Ticino, Adda, Mincio). Evita le zone ad alto grado di urbanizzazione, mentre non sembra essere influenzato dalla copertura vegetale.