Per quanto riguarda le zone protette, lo Zigolo nero nidifica, con densità scarse, nei parchi regionali dell'Alto Garda Bresciano, Colli di Bergamo, Monte Barro, Montevecchia e Valle del Curone, Brughiera e Grigne. Le rarefatte osservazioni del versante valtellinese esposto a sud potrebbero riferirsi a coppie nidificanti nel Parco del Bernina. Quest'area è disertata pressoché completamente nel corso dell'inverno, mentre la popolazione del Parco di Montevecchia appare essere almeno in parte residente. Anche l'Oltrepò Pavese risulta occupato nel periodo invernale; osservazioni sul basso corso del Ticino o nella Lomellina potrebbero riferirsi ad individui erratici provenienti da quest'area.