Il Topo selvatico alpino è una specie di recente istituzione. Nel 1989, infatti, Storch e Lütt, in base ad analisi di differenze morfologiche (colorazione del mantello, misure biometriche esterne e cranio-dentarie) tra animali catturati nella regione di Voralberg (Austria), definiscono l'esistenza di una nuova specie appartenente al genere Apodemus, che vive nello stesso ambiente (sintropia) con le già note A. sylvaticus e A. flavicollis. Questa entità era precedentemente descritta da Heinrich (1952) nelle Alpi bavaresi come sottospecie di A. flavicollis. Nel 1991, Vogel et al (1991) hanno confermato lo stato specifico di A. alpicola in basi a criteri biochimici, tramite analisi elettroforetica delle proteine enzimatiche. Essi inoltre hanno dimostrato la presenza di questo animale sulle Alpi occidentali italiane e in Svizzera.