Specie tipica delle zone temperate, trova il suo habitat ideale nella vegetazione degli ambienti acquitrinosi, come, il nome volgare stesso lo indica, le risaie, ma anche canneti e rive di corsi d'acqua e zone umide in genere. Fondamentale per la presenza della specie è però il tipo di vegetazione presente: la copertura erbacea deve superare i 50 cm di altezza, mentre il diametro non deve superare i 7 mm, dimensione oltre il quale il Topolino delle risaie non è in grado di arrampicarsi. In Lombardia è presente principalmente nei Parchi della fascia planiziale, con nuclei rilevanti nel Parco del Ticino, nel Parco Agricolo Sud Milano e nel Parco dell'Oglio sud. La colorazione aranciata permette un buon grado di mimetismo che il muride sfrutta immobilizzandosi in caso di pericolo. Ha abitudini notturne, ed è quindi difficilmente contattabile.