La Marmotta è un animale tipicamente montano che vive tendenzialmente al di sopra del limite del bosco (2300-2400 metri) fino a quote variabili, diverse da zona a zona, ma rappresentabili dal limite inferiore delle nevi perenni (3000-3500 metri).
Predilige i versanti caldi esposti a Sud, Sud-Ovest e Sud-Est anche se non vengono del tutto disprezzati quelli con altre esposizioni, compresi quelli più freddi esposti a Nord. Le pendenze dei versanti in cui si rinvengono le colonie variano da bassa ad elevata.
Nella regione è specie comune nei parchi alpini, con buone densità nel Parco dell'Adamello, delle Orobie bergamasche, delle Orobie valtellinesi, del Bernina, del Livignese e nel Parco Nazionale dello Stelvio. Reintroduzioni sono state pianificate o eseguite in diverse aree, ad esempio nel Parco dell'Alto Garda Bresciano e nel Parco delle Grigne.
Vive in gruppi familiari composti dalla coppia adulta, dai loro piccoli dell'anno e dai fratelli nati l'anno precedente. Più famiglie possono occupare la stessa zona, interagendo tra loro, ed ogni individuo marca il proprio territorio tramite ghiandole poste ai lati del muso, tramite ghiandole anali, o tramite l'urina. Abitano in tane scavate da loro stesse o al limite utilizzano anfratti naturali in roccia (zone carsiche o macereti), e passano sei mesi all'anno in letargo, dalla prima metà di ottobre fino alla seconda metà di aprile. Durante tale periodo nelle camere di ibernazione la temperatura non si abbassa mai al di sotto dello zero e l'umidità rimane costante intorno al 70%: il cuore degli animali batte 1-2 volte al minuto e un respiro dura due minuti, mentre la temperatura corporea passa dai 37 ai 3 °C. Nell'arco dei sei mesi di letargo si verificano alcuni risvegli temporanei per permettere defecazione e minzione, ed è stato provato come esista una termoregolazione sociale all'interno della colonia, per cui tutti gli individui dello stesso gruppo passino quasi simultaneamente dallo stato di letargo profondo allo stato di torpore temporaneo.