Gli ambienti frequentati dalla Crocidura minore possono essere anche molto diversi tra loro, radure, boschi, giardini. Esiste però un comune denominatore: l'elevata xericità. Come la congenere C. leucodon evita i boschi chiusi e umidi, in cui prevalgono le specie del genere Sorex, nonché le aree montane elevate. Comune pressoché in tutti i Parchi fluviali e in alcuni Parchi dell'area collinare e prealpina, mancano informazioni sulle densità nelle aree alpine..
La Crocidura si rifugia e costruisce la propria tana in anfratti rocciosi, tane abbandonate di altri piccoli Mammiferi, ammassi di fascine e tutto ciò che può fornire riparo ad un animale di così modeste dimensioni. L'attività giornaliera è ripartita su tutte le 24 ore, con una alternanza di periodi di riposo e di veglia in cui sono individuabili circa 12 fasi distinte. Come gli altri Crocidurini può cadere in un torpore temporaneo, in cui il metabolismo viene rallentato al fine di ottenere un maggior risparmio energetico durante le fasi di riposo. Tale strategia è regolarmente messa in atto durante la cattiva stagione, insieme alla convivenza, nello stesso nido, di più individui. L'area familiare si estende su un centinaio di mq e comprende diversi nidi, occupati da individui diversi.