In Lombardia la Civetta nana è rara e localizzata in alcuni boschi di conifere maturi e ricchi in sottobosco, sia nell'area alpina che in quella prealpina. All'interno delle aree protette nidifica nei Parchi regionali dell'Adamello, delle Orobie Valtellinesi, delle Orobie Bergamasche, del Bernina, Disgrazia, Val Masino e Val Codera, di Livigno e Valdidentro, dell'Alto Garda Bresciano, e nel Parco nazionale dello Stelvio.
La Civetta nana vive in boschi in prevalenza di Abete rosso. Sulle Alpi si trova generalmente al di sopra degli 800 m di quota. Gli ambienti ottimali sono costituiti da boschi radi o con radure, ricchi in sottobosco e disetanei (sono in genere evitate le dense fustaie); ciononostante un certo numero di individui è stato osservato in prossimità di abitati, avvalorando l'ipotesi di erratismi altitudinali verso le quote più basse nel corso della cattiva stagione.