Appartiene alla famiglia dei soricidi, sottofamiglia dei soricini, caratterizzata dalla presenza di cuspidi dentarie rossiccie. Sebbene morfologicamente molto simile al Toporagno comune, il nome italiano, Toporagno nano, e quello latino, S. minutus, evidenziano le dimensioni minori della specie rispetto al congenerico. La misura del corpo, dalla punta del naso alla base della coda, varia fra i 40 e i 64 millimetri, la testa è proporzionalmente più piccola rispetto al corpo e la coda folta e lunga, arrivando a raggiungere i 46 millimetri, il peso si asseta fra i 2,5 e i 5 grammi. La colorazione del mantello varia dal marrone-grigio del dorso al grigio-bianco del ventre, fra le due colorazioni non è presente la banda laterale di colorazione intermedia, che caratterizza la pelliccia del Toporagno comune, mostrando un aspetto più uniforme. Caratteri diagnostici per il riconoscimento della specie sono le dimensioni del terzo dente unicuspidato superiore sensibilmente maggiori di quelle del secondo, questo carattere lo distingue da tutti gli altri toporagni europei. I sessi sono morfologicamente simili.