Pipistrello di piccole dimensioni, ma di taglia superiore a quella delle congeneriche specie europee. Lunghezza dell'avambraccio 32-37 mm, peso 7-13 g. Si distingue da P. pipistrellus per la lunghezza dell'avambraccio (>32 mm) e del quinto dito (>42 mm).
Presenta orecchie corte, di forma triangolare, con 4-5 pieghe sul bordo esterno. Il trago è breve, arrotondato all'estremità e leggermente inclinato verso il muso. L'uropatagio, diversamente rispetto alle altre specie del genere Pipistrellus e da H. savii, si presenta villoso fino a metà sul lato dorsale, soltanto lungo la gamba sul lato ventrale.
I peli presentano colorazione marrone scuro nella porzione basale. La colorazione del dorso varia da castano-fulvo in estate, a castano scuro-grigio dopo la muta estiva. Il ventre è invece di colore bruno chiaro- giallastro. I giovani sono generalmente scuri, di colore bruno-grigiastro. Non vi sono differenze morfologiche di rilievo tra i due sessi.