In Lombardia l'Organetto colonizza tipicamente la fascia subalpina degli arbusti nani e contorti disseminati da qualche larice, nonostante la sua distribuzione in tali ambienti non sia uniforme. Coppie sparse si rinvengono anche al margine di peccete umide o di pascoli cespugliosi. Nidifica tra i 1000 e i 2300 m di quota, tipicamente intorno ai 2000 m, in nidi costruiti negli arbusti o talvolta al suolo. Si riproduce con un numero abbondante di coppie nei parchi regionali dell'Adamello, delle Orobie Bergamasche, delle Orobie Valtellinesi, del Bernina, del Livignese e dello Stelvio. La sua presenza è più scarsa nel parco delle Grigne e in quello dell'Alto Garda Bresciano. L'areale di svernamento è sostanzialmente identico, con osservazioni molto sporadiche nella fascia pedemontana e in pianura. Gli individui svernanti nella regione sono concentrati alle quote comprese tra i 600 e i 2200 m, con densità più elevate negli stessi habitat riproduttivi.