Vespertilio di taglia media. Lunghezza dell'avambraccio compresa tra 35-43 mm, peso 10-13 g. Orecchie lunghe e strette, piegate in avanti oltrepassano la punta del muso. Padiglione auricolare con 5 pieghe trasversali sul bordo esterno e una smarginatura poco pronunciata nella metà distale. Il trago è diritto, lanceolato, di lunghezza superiore a metà dell'orecchio. Piedi piccoli e, a differenza di quanto si osserva per le rimanenti specie del genere Myotis, accompagnati da uno sperone robusto, a forma di S, che si spinge fino a circa metà dell'uropatagio. Analogamente a M. emarginatus, ha margine dell'uropatagio corrugato e dotato di peli, che in M. nattereri sono tuttavia più consistenti, radi e ricurvi verso il basso. La faccia superiore dell'uropatagio è glabra.